Módulos
 
Bases de Dados
Alinhamento de sequências
OMIM
Visualização de proteínas 2
Árvores Filogenéticas
 
 
 
 
 
 


Estrutura Tridimensional da Hemoglobina

Bom dia. Neste pequeno tutorial vamos aprender a utilizar uma ferramenta de visualização de estruturas tridimensionais de proteínas. Vamos utilizar como exemplo a Hemoglobina, que é a proteínas responsável pelo trasnporte de Oxigénio para as células. Vamos visualizar a Hemoglobina na forma ligada ao Oxigénio (Oxihemoglobina) e desligada de Oxigénio (Deoxihemoglobina)

Então vamos começar... É só seguir as instruções...

1. Começar por clicar com o botão do rato do lado direito no seguinte link
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?CMD=search&DB=structure. Escolher abrir o site noutra página.

2. Pesquisar "hemoglobin deoxy homo sapiens" (seta vermelha). Clicar Go.

Como vamos utilizar bases de dados que utilizam o Inglês como língua base temos que realizar as pesquisas em Inglês, neste caso escrevemos "hemoglobin". Se pretende seguir uma carreira na investigação o Inglês é fundamental.

Temos 89 estruturas de hemoglobinas. O termo "deoxy" significa que queremos a estrutura da Hemoglobina sem o Oxigénio ligado. Como já devem saber a função da hemoglobina é o transporte de Oxigénio dos pulmões para os tecidos do organismos onde este é necessário. Com o termo "Homo Sapiens" especificamos que estamos à procura de estruturas da Hemoglina na espécie humana.

3. Procurar e clicar o resultado "1XZ2" (deverá estar na terceira página de resultados). Deverá obter uma figura como a seguinte:

Como podem ver a estrutura da hemoglobina humana tem 4 subunidades (Chain A, B, C, D) cada uma liga e transporta uma molécula de Oxigénio.

5. Vamos finalmente observar uma estrutura da hemoglina. Clicar na imagem da Hemoglobina que aparece à esquerda.


Ao clicar na figura, programa Cn3D é automaticamente aberto e a Hemoglobina pode ser imediatamente visualizada. Cada subunidade tem 4 grupo heme com um ião Ferro (Fe2+) no centro de cada grupo Heme (seta vermelha).

Na outra janela que foi aberta temos representada a sequência de aminoácidos de cada uma das subunidades. Cada letra representa um dos 20 aminoácidos possíveis que podem fazer parte das proteínas.

6. Posicionar a Hemoglobina de forma a que seja possível ver de perto um dos grupos heme e o ião Fe2+.

Para rodar a molécula apenas tem de utilizar o rato. Para fazer zoom na estrutura mantenha a tecla Ctrl pressionada enquanto utiliza o rato. Para posicionar a estrutura sem a fazer rodar mantenha a tecla para maiúsculas pressionada e utilize o rato.

Nesta configuração de visualização, apenas o grupo heme é representados com os seus átomos constituintes. Cada cor representa um tipo de átomo:

Cinzento-Carbono
Vermelho-Oxigénio
Azul-Nitrogénio
Verde-Fósforo
Amarelo-Enxofre
Branco-Hidrogénio

Neste ponto pode "brincar" um pouco com a proteína. Experimente carregar na tecla "n" e depois em "s".

7. Vamos ainda procurar uma outra estrutura da Hemoglobina. Voltar à página de pesquisa. Pesquisar com as palavras "hemoglobin oxy homo sapiens" (seta vermelha).

8. Procurar e clicar o resultado "1GZX" (deverá estar na segunda página de resultados).


 

9.Clicar na imagem da Hemoglobina que aparece à esquerda.

10. Mover a Hemoglobina de forma a observar em pormenor o grupo heme. Qual a diferença entre este esta estrutura e a estrutura anterior?


 
© 2007 Bioinfosites Inc. All rights reserved.
20" vaÂ